一、意思不同

1、情不自禁，指自己控制不了自己的情感，比喻感情激动得不能控制。

2、不由自主，指由不得自己，控制不住自己。

二、引证释义不同

1、情不自禁

南朝·梁·刘遵《七夕穿针》诗：“步月如有意，情来不自禁。”

白话文：“步月如果有意思，会控制不了自己的情感。”

2、不由自主

清·曹雪芹《红楼梦》第81回：“我也不很记得了。但觉自己身子不由自主，倒象有什么人，拉拉扯扯，要我杀人才好。”

三、用法不同

1、情不自禁

兼语式；作谓语、状语；用于描写人的感情。

2、不由自主

作谓语、状语；用于人。